寶石的真偽、顏色及透明度好壞深深影響著寶石的價值，拉曼光譜儀除了對於天然寶石內含晶體的鑑定具功效外，對於一些寶石的充填處理，例如紅寶石的膠或鉛玻璃充填處理、翡翠的B貨灌膠處理、祖母綠的灌膠充填處理、金珠/黑珠/巧克力珠的染色處理、珊瑚的染色處理、紅色紫色硬玉的處理證據…等，也可